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    當前位置:生物測試 ?  測序平臺 ? 

    宏轉(zhuǎn)錄組

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    宏轉(zhuǎn)錄組

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    項目介紹

    宏轉(zhuǎn)錄組學(Metatranscriptomics)的研究對象是微生物組mRNA,在獲取微生物組總RNA并去除rRNA之后,反轉(zhuǎn)錄為cDNA,并構(gòu)建合適長度的插入片段文庫,對這些文庫進行雙端(Paired-end,PE)高通量測序,從而能精確定量整個菌群中具有活性的物種精細組成及其對應(yīng)功能的表達水平,進而鎖定菌群中的關(guān)鍵生物標記物、闡明其生物學意義。

    實驗流程:

    分析流程:

    樣品要求

    1. cDNA:濃度≥20 ng/μL,總量≥1 μg,必須是雙鏈cDNA;

    2. RNA:濃度≥100 ng/μL,總量≥4 μg,并確保RNA無降解;

    3. 土壤、污泥等原樣,至少提供1.5g;

    4. 樣品保存期間切忌反復(fù)凍融,送樣時干冰運輸。

    項目案例

    CAZy酶的注釋結(jié)果統(tǒng)計圖

    Unigene差異表達MA圖

    種水平的豐度等級曲線圖

    常見問題
    1、宏轉(zhuǎn)錄組測序有哪些特點?


    1、直接對群落樣本中的轉(zhuǎn)錄本進行測序,真實再現(xiàn)群落的活性功能;

    2、業(yè)界公認的總RNA 提取方法和rRNA 去除技術(shù),穩(wěn)定;

    3、使用Illumina NovaSeq高通量測序平臺,速度更快周期更短;

    4、功能+物種,雙管齊下;拼接+不拼接,各取所長,實現(xiàn)對物種和功能的“高分辨率”精確定量;

    5、根據(jù)樣本、數(shù)據(jù)特征,自動選擇分析流程,多種功能注釋數(shù)據(jù)庫可選,優(yōu)化宏基因組功能代謝譜注釋;

    6、通過多種多變量統(tǒng)計分析和機器學習方法,系統(tǒng)、深入地挖掘宏轉(zhuǎn)錄組大數(shù)據(jù)中差異相關(guān)的關(guān)鍵物種和關(guān)鍵功能,識別關(guān)鍵生物標記物。

    學術(shù)文章

    宏轉(zhuǎn)錄組

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