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微生物多樣性測(cè)序

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微生物多樣性測(cè)序

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項(xiàng)目介紹

一、細(xì)菌的 16S rDNA 序列在不同的物種間是高度保守的，不同的物種間序列是不一樣的，因而對(duì)此序列通過(guò)PCR 擴(kuò)增、測(cè)序，與 GenBank 中的已知序列進(jìn)行比對(duì)后，則可判定細(xì)菌種類，將其劃分到屬或種。16srDNA (16SrRNA 為核糖體的 RNA 的一個(gè)亞基，16srDNA 就是編碼該亞基的基因)鑒定是指用利用細(xì)菌 16srDNA 序列測(cè)序的方法對(duì)細(xì)菌進(jìn)行種屬鑒定。16srDNA 是細(xì)菌染色體上編碼 16srRNA 相對(duì)應(yīng)的 DNA 序列，存在于所有細(xì)菌染色體基因中。 rRNA 指的是 rDNA 的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物，它是構(gòu)成核糖體的重要成分，核糖體由許多小的 rRNA 分子組裝而成，16S rRNA 是其中一個(gè)組件，一般所分析的對(duì)象都是 16s rDNA,因?yàn)?DNA 提取容易,也比較穩(wěn)定。


二、真菌的 ITS 序列在不同的物種間是高度保守的，不同的物種間序列是不一樣的，因而對(duì)此序列通過(guò)擴(kuò)增、測(cè)序，與GenBank 中的已知序列進(jìn)行比對(duì)后，則可判定真菌種類，將其劃分到屬或種。

真菌鑒定 4 種基因標(biāo)記：

1、ITS：內(nèi)部轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)（internal transcribed spacer of RNA Pol1），rRNA經(jīng)翻譯后修飾移除部分，共兩個(gè)間隔區(qū)，包括5.8S 基因；

2、LSU：28S 核糖體大亞基（28S nuclear ribosomal large subunit rRNA）；

3、SSU：18S 核糖體小亞基 （18S nuclear ribosomal small subunit rRNA）；

4、RPB1：RNA 聚合酶 2 最大亞基（the largest subunit of RNA polymerase II），單拷貝，遺傳趨異慢。

內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū) ITS 由于不需要加入成熟核糖體，因此在進(jìn)化過(guò)程中能夠承受更多的變異，屬于中度保守的區(qū)域，其保守性基本上表現(xiàn)為種內(nèi)相對(duì)一致，種間差異比較明顯。這種特點(diǎn)使 ITS 適合于真菌物種的分子鑒定以及屬內(nèi)物種間或種內(nèi)差異較明顯的菌群間的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系分析。


三、微生物多樣性測(cè)序（又稱擴(kuò)增子測(cè)序）是利用二代測(cè)序平臺(tái)，對(duì)16S rDNA /ITS 功能基因等特定區(qū)段 PCR產(chǎn)物進(jìn)行高通量測(cè)序，突破傳統(tǒng)微生物不可培養(yǎng)的缺點(diǎn)，獲得環(huán)境樣本中的微生物群落結(jié)構(gòu)、進(jìn)化關(guān)系以及微生物與環(huán)境相關(guān)性等信息。

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樣品要求

1.送檢的菌種樣品必須確保無(wú)致病性，并在無(wú)致病性欄中填寫(xiě)無(wú)；有致病性的樣品我們只接受基因組DNA，樣品有致病性，導(dǎo)致污染和擴(kuò)散，由提供方承擔(dān)相應(yīng)后果；

2.若樣品為基因組DNA，DNA濃度>20ng/ul，體積大于20ul；如果是菌種，請(qǐng)送培養(yǎng)好的菌；

3.菌種不純會(huì)導(dǎo)致測(cè)序出現(xiàn)套峰，因此得不到鑒定結(jié)果，如遇這種情況，正常收費(fèi)；

4.對(duì)于鑒定的菌株，我們不做備份及保留，請(qǐng)送檢之前做好保種工作，如有疑問(wèn)請(qǐng)?jiān)谑盏浇Y(jié)果7個(gè)工作日內(nèi)聯(lián)系我們，過(guò)期我們會(huì)銷(xiāo)毀樣品，不予處理；

5.如樣品原因擴(kuò)增不成功導(dǎo)致鑒定失敗，會(huì)取消該樣品的項(xiàng)目服務(wù)；若因用戶提供的樣品與需要鑒定的類型不符，導(dǎo)致實(shí)驗(yàn)失敗，委托人需支付全部項(xiàng)目費(fèi)用；

6.樣本處理時(shí)，需避免污染，且需要干冰寄送的樣本，請(qǐng)?zhí)崆白孕袦?zhǔn)備干冰。

項(xiàng)目案例

Alpha多樣性指數(shù)差異箱形圖

PCoA分析

NMDS分析

微生物多樣性測(cè)序

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