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Visium空間轉(zhuǎn)錄組

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Visium空間轉(zhuǎn)錄組

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項目介紹

Visium空間轉(zhuǎn)錄組測序是依靠10x Genomics Visium平臺，結(jié)合顯微成像、靶向探針捕獲、芯片和測序技術(shù)，從切片中獲取不同位置細胞中轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，并將組織學(xué)和基因表達分析結(jié)合，通過數(shù)據(jù)處理進行基因表達和形態(tài)學(xué)數(shù)據(jù)的可視化。

技術(shù)原理

10x Genomics Visium的核心是利用空間表達芯片捕獲分子并標記空間位置和標簽，基因表達芯片包含4個點陣區(qū)域（6.5mm x 6.5mm），每個點陣含有4992個barcoded spot（直徑55um），每一個spot有一種空間定位條形碼。基因表達芯片上的組織切片透化后釋放mRNA被spot上對應(yīng)的條形碼原位捕獲，進一步文庫構(gòu)建和測序。測序數(shù)據(jù)中空間條形碼序列將轉(zhuǎn)錄信息映射回組織切片中的起始位置，從而還原轉(zhuǎn)錄本在組織中額位置分布，實現(xiàn)基因表達的空間可視化。