免费观看美国不卡一级黄色片-日本一区二区中文字幕无删减版-91在线国内在线播放高清-午夜av高清在线观看

預(yù)存
Document
當(dāng)前位置：文庫(kù)百科 ? 文章詳情
實(shí)用教程丨如何用atomsk+LAMMPS大量建立SrTiO3層錯(cuò)模型并篩選出最優(yōu)結(jié)構(gòu)？
來(lái)源：科學(xué)10分鐘 時(shí)間：2021-08-17 21:58:04 瀏覽：3761次

本文內(nèi)容介紹一下atomsk源碼包中的一個(gè)例子，該例子以SrTiO3中的x=[001] y=[110] z=[1-10]的晶向?yàn)榫Ц窕?，通過(guò)atomsk大量建立xy面上，同時(shí)沿x,y方向產(chǎn)生連續(xù)大小位移的層錯(cuò)結(jié)構(gòu)，用LAMMPS計(jì)算層錯(cuò)能，篩選出層錯(cuò)能最小的結(jié)構(gòu)。

該例子在atomsk的examples/SrTiO3_gamma_surface文件夾中，我們打開(kāi)腳本sto.sh可以看到該計(jì)算目的說(shuō)明，以及需要的運(yùn)行環(huán)境：atomsk+LAMMPS+lmp_atom2charge+gnuplot

其中l(wèi)mp_atom2charge將LAMMPS的atomic類(lèi)型的data文件轉(zhuǎn)換為charge類(lèi)型的data文件腳本，在atomsk源碼包中的tools文件夾中可以直接下載。gnuplot為繪圖程序，通過(guò)：

sudo apt-get(yum -y) install gnuplot直接從數(shù)據(jù)庫(kù)中自動(dòng)下載配置即可。

建模過(guò)程詳細(xì)如下：

首先用atomsk建立了x=[001] y=[110] z=[1-10]方向的SrTiO3單包，然后擴(kuò)包為1x1x8的超胞，將x，y方向模擬盒子長(zhǎng)度分別均分為10份（單位長(zhǎng)度tauX）和16份（單位長(zhǎng)度tauY）循環(huán)建立，同時(shí)沿x, y方向的層錯(cuò)結(jié)構(gòu)并計(jì)算其層錯(cuò)能。最后用gunplot繪圖：

運(yùn)行命令：chmod +x sto.sh

                ./sto.sh

運(yùn)行完畢后如下：

該腳本會(huì)自動(dòng)調(diào)用gnuplot繪出層錯(cuò)能和x，y方向位移的關(guān)系：

這樣我們就可以很直觀的可以看到，滿足要求最優(yōu)層錯(cuò)結(jié)構(gòu)的位置了，根據(jù)輸出的結(jié)構(gòu)文件，挑出最穩(wěn)定的層錯(cuò)結(jié)構(gòu)進(jìn)行下一步工作。

這里例子取得步長(zhǎng)為沿x,y方向均分為10和16份，如果再取密一點(diǎn)可以得到更精確的結(jié)果。

PS：推薦一個(gè)非常好用的科研小程序“測(cè)試GO”，專(zhuān)注【材料測(cè)試+模擬計(jì)算】科研服務(wù)，測(cè)試狗團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)，提供同步輻射、球差電鏡和常用材料表征，承接第一性原理計(jì)算、分子動(dòng)力學(xué)、有限元計(jì)算等
評(píng)論 / 文明上網(wǎng)理性發(fā)言
12條評(píng)論
全部評(píng)論 / 我的評(píng)論
最熱 /  最新
全部 3小時(shí)前 四川
文字是人類(lèi)用符號(hào)記錄表達(dá)信息以傳之久遠(yuǎn)的方式和工具?，F(xiàn)代文字大多是記錄語(yǔ)言的工具。人類(lèi)往往先有口頭的語(yǔ)言后產(chǎn)生書(shū)面文字，很多小語(yǔ)種，有語(yǔ)言但沒(méi)有文字。文字的不同體現(xiàn)了國(guó)家和民族的書(shū)面表達(dá)的方式和思維不同。文字使人類(lèi)進(jìn)入有歷史記錄的文明社會(huì)。
點(diǎn)贊12
回復(fù)
全部
查看更多評(píng)論
相關(guān)文章

基礎(chǔ)理論丨一文了解XPS（概念、定性定量分析、分析方法、譜線結(jié)構(gòu)）

2020-05-03

晶體結(jié)構(gòu)可視化軟件 VESTA使用教程（下篇）

2021-01-22

手把手教你用ChemDraw 畫(huà)化學(xué)結(jié)構(gòu)式：基礎(chǔ)篇

2021-06-19

【科研干貨】電化學(xué)表征：循環(huán)伏安法詳解（上）

2019-10-25

【科研干貨】電化學(xué)表征：循環(huán)伏安法詳解（下）

2019-10-25

Zeta電位的基本理論、測(cè)試方法和應(yīng)用

2020-08-24

熱門(mén)文章/popular

基礎(chǔ)理論丨一文了解XPS（概念、定性定量分析、分析方法、譜線結(jié)構(gòu)）

晶體結(jié)構(gòu)可視化軟件 VESTA使用教程（下篇）

手把手教你用ChemDraw 畫(huà)化學(xué)結(jié)構(gòu)式：基礎(chǔ)篇

【科研干貨】電化學(xué)表征：循環(huán)伏安法詳解（上）

電化學(xué)實(shí)驗(yàn)基礎(chǔ)之電化學(xué)工作站篇 （二）三電極和兩電極體系的搭建 和測(cè)試

【科研干貨】電化學(xué)表征：循環(huán)伏安法詳解（下）

微信掃碼分享文章
| | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |