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【技能】Win10系統(tǒng)Bash中快速安裝和使用LAMMPS的方法
來源:本站 時(shí)間:2019-10-25 16:19:09 瀏覽:6603次


前言

對于LAMMPS初學(xué)者來說,第一件事就是在自己電腦上安裝一個(gè)可以運(yùn)行的LAMMPS程序。但是大多數(shù)初學(xué)者都是自己課題組模擬計(jì)算的先鋒隊(duì),沒有安裝和使用LAMMPS的經(jīng)驗(yàn),并且習(xí)慣了Windows操作系統(tǒng),更不愿意將自己的電腦系統(tǒng)轉(zhuǎn)變?yōu)長inux系統(tǒng)。因此,部分初學(xué)者會在自己的電腦上安裝虛擬機(jī),在虛擬機(jī)中安裝和使用LAMMPS;另外一些初學(xué)者可能會嘗試在自己的電腦上安裝上雙系統(tǒng)。這兩種方式筆者都嘗試過,用起來存在很多不方便得地方,特別是雙系統(tǒng),經(jīng)常需要在Windows系統(tǒng)和Linux系統(tǒng)來回切換,筆者已無力吐槽這種方式。

Build 2016大會上,微軟公司公布了重磅消息,Win10系統(tǒng)下可以直接使用基于Ubuntu的Bash Shell,不再需要安裝笨重的虛擬機(jī),并且Bash用起來更加順暢,與Windows系統(tǒng)共享存儲的文件,與受眾的親和力有了很大的提高。

本文對Win10系統(tǒng)下如何安裝和使用LAMMPS進(jìn)行了簡單總結(jié),供初學(xué)者參考。整個(gè)安裝過程包括兩部分:(1)在Win10系統(tǒng)下啟動(dòng)Ubuntu系統(tǒng);(2)Ubuntu系統(tǒng)下LAMMPS的安裝和測試。


安裝過程

? 在Win10系統(tǒng)下啟動(dòng)Ubuntu系統(tǒng)

Win10系統(tǒng)安裝過程中本身不包含Ubuntu系統(tǒng),需要手動(dòng)添加,添加的方法非常簡單。

(1)具體安裝過程為:打開設(shè)置——更新和安全——開發(fā)者選項(xiàng)——選擇 “開發(fā)人員模式”。

(2)然后進(jìn)入控制版面——程序——啟動(dòng)或關(guān)閉Windows功能——勾選“適用于LinuxWindows子系統(tǒng)”——點(diǎn)擊確定。安裝過程中需要重啟計(jì)算機(jī),并且需要下載Linux安裝程序。

(3)安裝之后可以直接在搜索中輸入“bash”就可以找到安裝的bash shell,也可以直接在cmd中輸入“bash”轉(zhuǎn)換到bash shell。

? Ubuntu系統(tǒng)下LAMMPS的安裝和測試

第一種方法非常簡單,根據(jù)LAMMPS官方手冊,可以直接采用編譯好的可執(zhí)行文件進(jìn)行安裝。復(fù)制以下命令,依次執(zhí)行,即可獲得執(zhí)行文件lmp_daily

1)sudo add-apt-repository ppa:gladky-anton/lammps

2)sudo apt-get update

3)sudo apt-get install lammps-daily

4)cd /lammps/examples/HEAT(打開LAMMPS中有關(guān)傳熱的例子)

運(yùn)行程序測試:mpirun -np 8 lmp_daily -in in.spce.hex

或者:mpirun -np 8 lmp_daily < in.spce.hex

第二種安裝方法稍微復(fù)雜一點(diǎn),但是對初學(xué)者來說也并不難

1)sudo apt install -y build-essential ccache gfortran openmpi-bin libopenmpi-dev libfftw3-dev libjpeg-dev libpng12-dev python-dev python-virtualenv libblas-dev liblapack-dev libhdf5-serial-dev hdf5-tools(更新和安裝LAMMPS所需要的安裝包,這部分可以根據(jù)需要選擇性安裝)

2)wget http://lammps.sandia.gov/tars/lammps-stable.tar.gz(從官網(wǎng)下載LAMMPS安裝包)

3)tar xvzf lammps-stable.tar.gz(解壓安裝包)

4)cd lammps(注意:這里解壓后的文件夾名為lammps,而實(shí)際解壓的文件名可能不同,需要根據(jù)實(shí)際解壓的文件名進(jìn)行調(diào)整,可以在命令行輸入“l(fā)s”進(jìn)行查看)

5)cd src/

6)make -j 4 mpi(編譯可執(zhí)行的文件,成功后會在src文件夾下面得到執(zhí)行文件名字為 “lmp_mpi”。但是在每次計(jì)算中,都需要將可執(zhí)行文件的絕對路徑添加上才能計(jì)算,比較麻煩。可以通過設(shè)定臨時(shí)路徑或者修改 “.bashrc”文件解決這個(gè)問題,兩者擇一即可)

保存臨時(shí)路徑(第一種方法)

7)cd(跳轉(zhuǎn)到根目錄)

8)mkdir lmp(建立臨時(shí)文件夾lmp)

9)cp lammps/src/lmp_mpi ./lmp/(將可執(zhí)行文件復(fù)制cp到lmp中)

10)pwd(顯示當(dāng)前路徑)

11)LAMMPS_DIR=$PWD(保存臨時(shí)路徑,并進(jìn)行測試)

12)cd /lammps/examples/HEAT(打開LAMMPS中有關(guān)傳熱的例子)測試:mpirun -np 8 $LAMMPS_DIR/lmp_mpi -in in.spce.hex

或者:mpirun -np 8 $LAMMPS_DIR/lmp_mpi -in in.spce.hex

或者修改 .bashrc文件(第二種方法)

13)執(zhí)行完上述步驟后繼續(xù)下面的步驟

14)vi .bashrc(輸入i,進(jìn)入編輯模式,并且在.bashrc文件結(jié)尾添加“ export PATH=~/lmp:$PATH”;然后點(diǎn)擊ESC鍵,分別輸入冒號wq,點(diǎn)擊Enter,完成對文件的修改)

15)source  .bashrc

16)cd /lammps/examples/HEAT(打開LAMMPS中有關(guān)傳熱的例子)運(yùn)行程序測試:mpirun -np 8 lmp_mpi -in in.spce.hex

或者:mpirun -np 8 lmp_mpi < in.spce.hex

本文主要參考了LAMMPS手冊:https://lammps.sandia.gov/doc/Howto_bash.html

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全部 3小時(shí)前 四川
文字是人類用符號記錄表達(dá)信息以傳之久遠(yuǎn)的方式和工具?,F(xiàn)代文字大多是記錄語言的工具。人類往往先有口頭的語言后產(chǎn)生書面文字,很多小語種,有語言但沒有文字。文字的不同體現(xiàn)了國家和民族的書面表達(dá)的方式和思維不同。文字使人類進(jìn)入有歷史記錄的文明社會。
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